从本质意义上说，《中华人民共和国仲裁法》所规定的仲裁制度与《企业劳动争议处理条例》规定的劳动争议“仲裁”制度是截然不同的。
《仲裁法》所规定的仲裁制度，是我国按照国际通行惯例在民商事领域内统一建立的法律制度;而现行的劳动争议“仲裁”制度则是国家针对劳动争议的特殊性，在该领域设立的处理劳动争议的专门制度，其与有关国际公约所称的仲裁并无任何联系。《中华人民共和国仲裁法》第七十七条特别规定劳动争议仲裁另行规定，不适用仲裁法。归纳起来，两者主要有以下区别：
1.在机构设置方面，仲裁委员会不按行政区划层层设立，可以在直辖市和省、自治区人民政府所在地的市设立，也可以根据需要在其他设区的市设立;而劳动争议仲裁委员会是按行政区划分别在县、市和市辖区等设立的处理劳动争议的特别机构，其常设办事机构设于各同级劳动行政主管部门内。
2.在受案范围方面，仲裁涵盖民事、经济的绝大多数领域，包括各类合同纠纷和其他财产权益纠纷;而劳动争议仲裁仅限于劳动争议。
3.在管辖方式方面，仲裁实行协议管辖，当事人可自主选择诉讼或者仲裁，也可自主选定仲裁委员会;而劳动争议仲裁实行地域管辖和级别管辖，当事人之间发生劳动争议后不得直接向人民法院起诉，而必须先申请劳动争议仲裁且当事人之间无需订有仲裁协议。
4.在裁决效力方面，仲裁实行一裁终局制度，裁决一经做出，即发生法律效力;而劳动争议仲裁裁决是非终局性的，当事人不服还可以向人民法院起诉。